La procédure repose sur l'attribution aux Unités d'Enseignement (UE) de crédits ECTS, selon les termes du processus de Bologne. De ce point de vue, le fonctionnement du master ne se distingue pas de celui d'un master intra-universitaire, même s'il possède son arborescence propre.
Chaque semestre est sanctionné, in situ, par un contrôle continu, dont les attendus sont fixés ci-dessous
1) assiduité
2) fiche de lecture
3) monographie ou présentation powerpoint de site ou d'instruments, de procédés, ou d'objets techniques en lien avec le projet ; réalisation d'inventaire ou projection, réalisation d'archives écrites ou orales, ou simulation, etc.
4) récupération de crédit si décision du jury d'admission
5) CR de stage ou de visite Dans chaque université d'accueil, des stages ou visites seront proposés aux étudiants, soit sur le terrain (archéologie), soit en institutions (musée, inventaire...), de manière à leur donner un aperçu concret des conditions d'exercice. Le rapport final de stage (S3) devra comporter une dimension comparatiste. Les notes sont centralisées par l'Université coordonnatrice, qui assure l'envoi d'un relevé provisoire de notes à chaque semestre.
En fin de seconde année, les étudiants soutiennent leur mémoire de master devant un jury constitué par leur professeur référent dans son Université et sont évalué en fonction des attendus ci-dessous :
1) Forme : Il doit comporter entre 120.000 et 170.000 signes, illustrations et annexes non comprises. Le mémoire doit être présenté en version électronique : 5 exemplaires CD rom minimum ; et sur tirage papier, 3 exemplaires minimum (2 pour le jury, 1 pour la bibliothèque du département de soutenance).
2) Contenu : la rédaction doit être en Français ou en Anglais. Le mémoire doit comporter obligatoirement un état de l'art, une problématique, une vérification des hypothèses, des développements logiques et démonstratifs, des illustrations et études de cas, une bibliographie, une présentation des sources, des notes en bas de page, présentées dans la règle de l'art.
3) La soutenance a lieu dans l'Université d'origine, et selon les conditions habituelles à cette Université sachant que la synthèse faite par le professeur référent aura été soumise dans les délais impartis à un collègue de chacune des deux autres universités pour approbation. Cette approbation est notifiée par écrit et certifiée par signature. Le jury de master valide l'ensemble du parcours, et décide de l'attribution de mentions. Les mémoires sont mis en ligne, après approbation du jury et portent la mention du résultat obtenu.
La soutenance du mémoire doit avoir eu lieu obligatoirement avant le 30 juin de l'année en cours.
L'évaluation, pour les cours, séminaires, rapports, mémoires, se fait selon la norme suivante : A=4, B=3, C=2, D=1, F=0. Le niveau B (moyenne) est requis pour être accepté en seconde année. Le niveau B (moyenne) est requis pour obtenir le diplôme. Les étudiants qui reçoivent un premier F, doivent repasser leur UE, et le F est remplacé par le nouveau résultat et n'apparaîtra pas dans le diplôme. S'il obtient de nouveau un F, l'étudiant est proposé à la radiation. S'il n'obtient pas un B (Moyenne), l'étudiant peut être proposé à la radiation, ou recevoir un certificat de participation, sans obtention du diplôme, ou devoir récupérer des UE, en fonction de la décision prise par le CSLM, au vu de son dossier et sur proposition du jury de diplôme.