L'organisation du Conseil de l'Ecole doctorale est réglée par l'arrêté du 7 aôut 2006. Il comporte quatre collèges:
Collège des enseignants-chercheurs:
Pr Michel BOUVIER
Pr Bernard CASTAGNÈDE
Pr Maryse DEGUERGUE Directrice de l'UFR 01
Pr Étienne FATÔME
Pr Yves JÉGOUZO
Pr Gérard MARCOU Directeur de l'École doctorale
Pr Bertrand MATHIEU
Pr Otto PFERSMANN
Pr Étienne PICARD
Pr Catherine TEITGEN-COLLY
Pr Michel VERPEAUX
Collège des membres extérieurs :
M. Guy CANIVET, membre du Conseil constitutionnel
M. Michel CORDIER, directeur du service juridique de la Compagnie générale des eaux
Mme Danièle LAMARQUE, Conseiller-Maître à la Cour des comptes
Me Alain-François ROGER, Avocat au Conseil d'État et à la Cour de Cassation
M. Christian STOFFAËS, Président du CEPII
Pr Michaël THALER, Université de Salzbourg
Collège des doctorants :
Melle Émilie DEBAËTS
M. Raphaël LÉONETTI
M. Thomas PERROUD
Melle Perrine PREUVOT
Représentant des personnels IATOS :
Elisée Coulibaly, Responsable administratif de l'École doctorale