Une thèse d'histoire correspond à un travail de recherche original, fondé sur des sources primaires, et qui constitue un apport à la connaissance scientifique. Le choix du sujet se révèle donc particulièrement important. Il importe en effet de s'assurer que celui-ci présente bien un caractère d'originalité, qu'il n'a pas fait l'objet d'un travail déjà soutenu ou en cours, qu'il peut se fonder sur un corpus de sources suffisant. Une telle opération ne peut être conduite qu'en relation étroite avec un directeur de recherche.

La première démarche consiste donc à entrer en contact avec un directeur choisi pour ses compétences dans les thématiques ou le champ envisagés (voir la liste des directeurs de recherche et leurs spécialités). La consultation du fichier central des thèses  ainsi que du catalogue du Sudoc sont des opérations essentielles, mais en aucun cas suffisantes car ces deux instruments ne recensent malheureusement pas tous les travaux réalisés. L'internationalisation croissante de la recherche universitaire rend aussi indispensable de s'informer sur les travaux réalisés à l'étranger, et de consulter notamment les catalogues des grandes bibliothèques internationales. Sur tous les plans, c'est donc le directeur de recherche qui est le mieux à même de renseigner sur la disponibilité et sur la faisabilité des sujets. C'est donc en étroite collaboration avec lui que le projet de thèse (4 à 5 pages dactylographiées) doit être rédigé. Il va de soi qu'aucun sujet n'est arrêté une fois pour toute : une marge d'évolution est à la fois légitime et nécessaire.

Une fois le directeur choisi, le sujet arrêté et le projet rédigé, il convient d'obtenir l'accord du directeur du laboratoire dans lequel le futur doctorant sera accueilli. L'insertion dans une équipe d'accueil est primordiale car c'est là, dans les échanges avec les autres chercheurs et les autres doctorants, dans la confrontation des vues, dans les séminaires de recherche, que le sujet pourra véritablement prendre toute sa mesure. Le directeur de recherche met le futur doctorant en relation avec le directeur de l'équipe d'accueil.

Il revient enfin au conseil scientifique de l'École doctorale de statuer sur la demande : il vérifie la recevabilité des dossiers, examine les projets de thèse et valide in fine l'inscription.