Créée en 1994, la procédure des thèses en cotutelle vise à instaurer et à développer une coopération scientifique entre des équipes de recherche françaises et étrangères en favorisant la mobilité des doctorants. Elle permet à un doctorant préparant simultanément sa thèse en France et à l'étranger de la soutenir devant un jury mixte unique et d'obtenir ainsi le diplôme correspondant dans chacun des deux pays concernés.

Le doctorant effectue ses travaux sous le contrôle et la responsabilité d'un directeur de thèse dans chacun des pays intéressés et il doit prendre une inscription à l'Université Paris I ainsi que dans l'université étrangère partenaire (en ne payant de droits d'inscription que dans un seul des deux établissements). La durée de préparation de la thèse se repartit entre les deux Universités par périodes alternatives dans chacun des deux pays. La soutenance a lieu devant un jury désigné par les deux Universités partenaires, composé à parité de représentants scientifiques des deux pays et comprenant au moins six membres dont les deux directeurs de thèse. Cette dernière est rédigée dans l'une des langues nationales des deux pays concernés et elle est complétée par un résumé dans l'autre langue, si les langues nationales des deux pays sont différentes. En tout état de cause, le doctorant est tenu de rédiger soit la thèse, soit le résumé en langue française. II en va de même pour la soutenance.

La procédure de cotutelle est régie par un arrête du 6 janvier 2005 modifie le 7 août 2006.

La réalisation d'une thèse en cotutelle suppose, dans chaque cas, la conclusion d'une convention spécifique entre l'Université Paris I et l'université étrangère partenaire (conforme à une convention-type préétablie). Cette étape peut prendre beaucoup de temps compte tenu des procédures administratives à respecter de part et d'autre et il convient donc d'engager les formalités requises dès la première inscription en thèse.

Le ministère chargé de l'éducation nationale et de la recherche contribue au financement de thèses en cotutelle (en 2007, le montant maximum de la subvention s'élève à 5000 euros par doctorant pour toute la durée de la thèse). Le bénéfice de cette subvention - versée à l'Université et indépendante de toute autre forme de financement dont le doctorant pourrait être le bénéficiaire direct (telle une allocation de recherche) - n'est pas automatique. II faut que le directeur de thèse français fasse acte de candidature (sous forme d'une demande visée par le directeur de l'Ecole doctorale sous couvert du président de l'Université) dans le cadre d'un appel d'offres annuel auquel sont éligibles les seuls dossiers des doctorants inscrits en première année de thèse au 1er mars de l'année de la demande, la convention de cotutelle devant au préalable être signée par les responsables des deux établissements partenaires. L'appel d'offres est généralement publié au début de l'année universitaire et la date limite de réception des demandes fixée début décembre. Les réponses sont ensuite transmises par écrit au mois de juillet. Tous les pays sont concernés mais chaque année certains peuvent faire l'objet d'une attention particulière. Pour toutes informations complémentaires, il convient de consulter le site du ministère en charge de la recherche.