. Le Conseil Scientifique de l'École doctorale conformément aux règles fixées par le décret, paru en août 2006, compte 26 membres. 

. Membres et composition du conseil

– 12 professeurs appartenant aux laboratoires de recherches composant l'ED, chacun ayant un remplaçant officiellement désigné : Pierre Boiley (Bertrand Hirsch), François Chausson (Bernard Legras), Robert Frank (Annick Foucrier), Dominique Kalifa (Myriam Tsikounas), Régine Le Jan (Laurent Feller), Belhoste Bruno (Christine Lebeau), Dominique Margairaz (Patrick Eveno), Françoise Micheau (Michel Kaplan), Francis Joannès, (Annick Lemperière), Michel Pigenet (Pascal Ory), Olivier Guyotjeannin (Elisabeth Parinet) ;

– 1 directeur de composante : Jean-Michel Leniaud, (Philippe Boutry) ;

– 1 représentante élue des personnels IATOSS, Christine Ducourtieux ;

– 5 représentants élus des doctorants : Amélie Choukroun, David Do Paco, Gaëlle Deschodt, Matthieu Tracol ETMarie Poren ;

– 8 personnalités extérieures, selon les textes, quatre personnalités doivent être choisies pour leurs compétences scientifiques, quatre autres doivent être des représentants des secteurs industriels et socio-économiques. Ce sont : François de Polignac, CNRS ; M Raj Kapil, EHESS ; Armelle Enders, Université Paris IV ; François Menant, ENS ; Valérie Hannin, L'Histoire ; Hugo Bevort, Mairie de Paris ; Ghislain Brunel, Archives Nationales ; et Jean-Michel Rodes, INA.

. Modalités de fonctionnement du conseil

Le Conseil se réunit trois fois par an, deux fois en formation large et une fois en formation restreinte (jury du concours des allocations de recherches). Lors des séances d'automne et de printemps :

– il examine les demandes d’accréditations d'enseignants-chercheurs habilités et décide de les agréer ou non ;

–  il prend connaissance des nouvelles thèses inscrites à l'automne de chaque année et des demandes de prolongation en thèse, son rôle étant de veiller au respect et de l'application de la charte des thèses, notamment en ce qui concerne l'attribution des allocations de recherches ;

– il participe à la définition des activités de l’École doctorale, à l’établissement de son calendrier : les manifestations scientifiques de l'école (journées organisées par les doctorants, journées organisées par les enseignants-chercheurs, colloques), la publication annuelle d'Hypothèses, les formations ;

–  il étudie les projets et les dossiers en cours : collège doctoral franco-allemand, place de l'ED au sein de héSam ;

– enfin la Direction de l’école lui rend compte du budget et de son utilisation.

Chaque réunion du Conseil Scientifique fait l'objet d'un compte rendu. Lors de la séance du mois de juin, le conseil scientifique forme le jury qui décide de l'attribution des allocations de recherches aux candidats titulaires d'un master 2.