La formation des doctorants à la recherche repose sur les laboratoires et les équipes de recherche; chaque doctorant doit être rattaché à l’un d’eux. Plusieurs équipes sont communes à différentes institutions : CNRS, EPHE, EHESS, École normale supérieure, École nationale des Chartes et diverses universités. Cet enseignement est dispensé lors de séminaires, de stages, de voyages d’études… toutes les formes pédagogiques requises par la spécificité des domaines enseignés. Les sites des équipes de l’Ecole reflètent la diversité des approches scientifiques et le spectre particulièrement étendu des études menées au sein de notre École.

.   ANHIMA - Anthropologie et Histoire des Mondes Antiques (UMR 8210)

. ArScAn - Archéologie et Sciences de l'Antiquité (UMR 7041)

. CEMAF - Centre d'études des Mondes Africains (UMR 8171)

. CENTRE D'HISTOIRE DU XIXe SIÉCLE (EA 3550)

. CHS 20e - Centre d'Histoire Sociale du XXe siècle (UMR 8058)

. IDHE - Institutions et Dynamiques de l'Économie (UMR 8533)

. IRICE - Identités. Relations internationales et civilisations de l'Europe (UMR 8138)

. LAMOP - Laboratoire de médiévistique occidentale de Paris (UMR 8589)

. MASCIPO-CRALMI - Mondes Américains, Sociétés, Circulations, Pouvoirs (XVe-XXIe siècle) (UMR 8168)

. MODERNITÉS ET RÉVOLUTIONS (EA 127)

. ORIENT ET MÉDITERRANÉE (UMR 8167)

. ENC, HISTOIRE, MÉMOIRE ET PATRIMOINE (EA 3624)