L'organisation du Conseil de l'Ecole doctorale est réglée par l'arrêté du 7 aôut 2006. Il comporte quatre collèges:
Collège des enseignants-chercheurs:
Pr Michel BOUVIER
Pr Ludovic AYRAULT
Pr Géraldine CHAVRIER, Directrice de l'UFR 01
Pr Maryse DEGUERGUE
Pr Norbert FOULQUIER
Pr Yves JÉGOUZO
Pr Gérard MARCOU
Pr Bertrand MATHIEU
Pr Otto PFERSMANN
Pr Étienne PICARD
Pr Catherine TEITGEN-COLLY
Pr Michel VERPEAUX, Directeur de l'Ecole doctorale
Collège des membres extérieurs :
M. Michel CORDIER, directeur du service juridique de la Compagnie générale des eaux
Me Michèle RAUNET, Etude notariale Cheuvreux et Associés Paris
Me Alain-François ROGER, Avocat au Conseil d'État et à la Cour de Cassation
M. Bernard STIRN, Président, Section du Contentieux, Conseil d'Etat
Pr Michaël THALER, Université de Salzbourg
Collège des doctorants :
M. Bertrand-Léo COMBRADE
Mme Mathilde HEITZMANN-HIEAUX
Mme Marina KALARA
Mme Lucie SPONCHIADO
Représentant des personnels IATOS :
Elisée Coulibaly, Responsable administratif de l'École doctorale