Dès la création du C2i niveau 1 en 2002, le développement de C2i niveau 2 « faisant l'objet d'exigences plus élevées en fonction des orientations professionnelles des formations dispensées » a été prévu.
Les C2i niveau 2, qui doivent être acquis au niveau Master, sont pour l'instant au nombre de 5 :  C2i niveau 2 "Enseignant", C2i niveau 2 "Métiers du droit", C2i niveau 2 "Métiers de la santé", C2i niveau 2 "Métiers de l'ingénieur" et C2i niveau 2 "Métiers de l'environnement et de l'aménagement durables".

A Paris 1, il est possible de préparer le C2i niveau 2 "Métiers du droit", le C2i niveau 2 "Métiers de l'environnement et de l'aménagement durables" et le C2i "enseignant".